1、对汉族聚居区或民族杂居区的少数民族，采取较为严格的民族管理与融合政策，把少数民族统一编入卫所（一部分编入府、州、县）里统一加以管理；

2、在汉族集居区与少数民族聚居区交界地带则采取驻扎汉军和收编土著相结合的办法加以管理，较多吸纳土著首领参与卫所的管理；

3、在更远一些的少数民族集居区，实行“因俗而治”、“以夷治夷”，以土司和糜卫所官职为框架，采取更加灵活的民族政策。